Nel 1195 il Comune di Padova dà inizio alla costruzione delle nuove mura, a difesa del nucleo centrale della città, quello racchiuso nell'insula, anticamente formata dalla prima ansa del Meduacus, ma ormai delimitata dai due rami del Bacchiglione, noti in epoca moderna come Tronco Maestro e Naviglio interno (quest'ultimo oggi in gran parte tombinato, sotto le attuali riviere Tito Livio e Ponti Romani), che ancor oggi si separano all'altezza del castello e si ricongiungono all'esterno delle Porte Contarine.
In realtà quella che viene tramandata come "costruzione" è piuttosto un'opera di razionalizzazione e integrazione delle difese realizzate in precedenza in tempi diversi: il tratto superstite di riviera Tito Livio, che si compone di due muri affiancati costruiti in epoche diverse, sta a dimostralo.
Della cerchia comunale sopravvivono oggi pochi tratti, che affiorano qua e là come facciata o come muro posteriore delle abitazioni che vi si sono addossate nel corso dei secoli, soprattutto lungo riviera Albertino Mussato, via Tolomei e riviera Mugnai e poi ancora in largo Europa (sotto la torre medoacense), in riviera dei Ponti Romani (all'interno di un negozio di articoli sportivi) e in riviera Tito Livio. I due tratti meglio conservati sono però quelli che delimitano i lati sud e ovest del castello, anche se poco visibili dall'esterno.
Delle quattro porte regales, indicate dal notaio trecentesco Giovanni da Nono nella sua Visio Egidii Regis Patavie, ci rimangono Porta Altinate e Porta dei Molini, più una quinta, presto dimenticata, perché inglobata nell'ampliamento ezzeliniano del castello e riscoperta solo di recente. Il da Nono la elenca fra le altre quindici minori, come porta "del castello", ma dimensioni e monumentalità sono analoghe a quelle di porta Altinate. Delle altre quattordici porte minori sopravvivono soltanto poche vestigia della porta di San Fermo, ritrovate di recente.
Sempre in epoca comunale furono poi realizzati in momenti diversi altri tratti di mura, spaldi e terrapieni, all'esterno della cinta primitiva: all'inizio della dominazione ezzeliniana, nel 1238, è ad esempio già attestato un tratto a sud, lungo il canale delle Acquette, con una porta verso Prato della Valle. Fra la fine degli anni '50 e i '70 del Duecento viene costruito un muro del spaldo a occidente, che poi prosegue a cingere l'area della chiesa della Trinità (più tardi Coalonga), in un processo di continuo ampliamento delle fortificazioni, ad inglobare le successive aree di espansione della città, processo che continuerà e si completerà in epoca carrarese, dando luogo al complesso delle "tre cinte di mura" ricordate dagli annalisti.
Le mura comunali: a sinistra nella veduta di "Padova circondata dalle muraglie vecchie" del Dotto e a destra evidenziate sulla pianta del Valle
Ulteriori notizie sulle mura comunali nel relativo capitolo della Storia in breve
La visita virtuale permette di conoscerle passo a passo
Per una trattazione ampia e dettagliata delle mura medievali nel loro complesso:
- Le Muraglie vecchie di Padova, di Adriano Verdi (tratto da I luoghi dei Carraresi, a cura di Davide Banzato e Francesca d'Arcais. Canova, Treviso 2006)
Per una ricognizione fotografica dettagliata dell'esistente (al 1987):
- Le mura ritrovate. Fortificazioni di Padova in età comunale e carrarese, a cura di Adriano Verdi, Panda Edizioni, Padova 1987 e 1989